Anomalie ou Maladie: Anomalies des organes sexuels pouvant induire une aménorrhée
Les problèmes avec les organes sexuels eux-mêmes peuvent également provoquer de l'aménorrhée. Exemples:

Plaie utérine. Le syndrome d'Asherman, un état dans lequel le tissu cicatriciel s'accumule dans la paroi de l'utérus, peut parfois se produire après une dilatation et un curetage (D & C), une césarienne ou un traitement pour les fibromes utérins. La cicatrisation utérine empêche le développement normal et l'élimination menstruelle de l'endomètre.
Manque d'organes reproducteurs. Parfois, des problèmes surviennent lors du développement du foetus qui ont conduit à une fille née sans une partie importante de son système reproducteur, comme son utérus, son col de l'utérus ou son vagin. Parce que son système de reproduction ne s'est pas développé normalement, elle ne peut pas avoir de cycles menstruels.
Anormalité structurelle du vagin. Une obstruction du vagin peut empécher l'extériorisation des saignements menstruels. Une membrane ou une cloison peut être présent dans le vagin qui bloque l'écoulement du sang de l'utérus et du col de l'utérus.